贺学礼教授团队研究进展：确定核心微生物群系的新方法及群落内部的分层

逆境菌根生物学团队在国际著名微生物学期刊《Microbiology Spectrum》（中科院一区TOP期刊，最新影响因子9.04）在线发表题为 “Distinct Features Based on Partitioning of the Endophytic Fungi of Cereals and Other Grasses”的研究成果，团队青年教师孙翔博士为文章第一作者。《Microbiology Spectrum》由美国微生物学会（American Society of Microbiology）主办，是报道微生物学领域最新进展的综合性期刊。

核心微生物群系（core microbiome）是微生物群系研究中的一个重要概念，也是理解微生物群系的组成结构和功能结构的重要工具。研究提出了一种基于各群落成员在不同亚群落（sub-community）中的发生频度（frequency of occurrence）确定群系核心成员的方法，并且通过随机抽样的自展策略检验核心微生物群系的统计强度，为核心微生物群系最终确定适当的划分标准及相应的核心成员。

图1. 确定核心微生物群系成员的方法。a) 在指定阈值下，由真实群落确定的核心成员。

图2. 应用上述方法，确定了包括驯化和野生小麦在内的六种植物内生真菌群落的核心群系成员。

通过这一方法，研究确定了生长于以色列地区的Triticum aestivum（小麦）和五种谷物野生种Aegilops peregrina (小麦近亲), Aegilops sharonensis (小麦近亲), Avena sterilis (野生燕麦), Hordeum spontaneum (野生大麦), Triticum dicoccoides (野生小麦)中，茎秆部位的内生真菌群落的核心真菌群系。同时，研究发现，核心真菌群系的成员与非核心的成员在群落组成动力学上表现出了明确的差异。值得注意的是，小麦在核心成员的确定以及非核心成员的群落动力学上明显表现出了与野生种不同的趋势，这或许显示了驯化过程对植物共生微生物群系的巨大影响。

全文链接：https://doi.org/10.1128/spectrum.00611-23